A组轮状病毒广州地方株VP7基因序列的比较分析

目的 了解我国轮状病毒G1型广州地方株与标准株及北京G1型地方株VP7基因序列的差异，为我国轮状病毒疫苗的研制提供资料。方法 通过逆转录—聚合酶链反应(RT—PCR)获得了轮状病毒广州地方株R97—196 VP7全基因的cDNA片段，将其克隆入T—A克隆质粒pUCm—T中，构建成重组质粒pUCmT—VP7，对克隆的VP7基因进行序列测定。结果 该地方株的基因核苷酸全长为1062nt，读码框架和以往的研究一致，和北京G1型地方株173的VP7氨基酸序列具有高度同源性(98％)，而与不同血清型标准株间则变异较大(73％—81％)，氨基酸序列中存在的一些高变区和保守功能区与已报道的研究结果一致。从进化角度分析，与轮状病毒标准株Wa株，相距较远。结论 轮状病毒广州地方株R97—196 VP7基因片段属G1型，轮状病毒VP7基因的变异与地域有一定关系。     

北京新发现的人偏肺病毒N蛋白编码基因的序列分析

目的　了解新近从北京地区发现的人类偏肺病毒 (humanmetapneumovirus ,HMPV)N蛋白编码基因的特征。方法　从经RT PCR检测HMPV阳性的临床鼻咽洗液标本中进行HMPVN蛋白全基因扩增、克隆至pUCm T载体中并进行测序 ,与GenBank中的多株HMPVN蛋白基因序列进行比较和进化树分析。结果　经扩增并测序 ,标本BJ1816和BJ1887N蛋白基因全长为 1185bp ,编码 394个氨基酸。BJ1816N蛋白基因与国际上第一株HMPV分离株NDL0 0 1和GenBank中其它的多株HMPV的核苷酸和氨基酸同源性分别为 86 .2 %～ 99.0 %和 96 .2 %～ 99.7%。BJ1887N蛋白基因与以上进行比较的各株HMPV的核苷酸和氨基酸同源性分别为 86 .6 %～ 97.0 %和 96 .4 %～ 99.5 %。BJ1816和BJ1887之间N基因的核苷酸和氨基酸同源性分别为 86 .6 %和 96 .4 %。提示BJ1816和BJ1887分属于HMPV的两个不同的基因进化簇。结论　从基因水平进一步证明新近发现的婴幼儿肺炎的新病原确为HMPV ,提示北京地区婴幼儿中同时存在两个不同进化簇 (即基因型 )的HMPV感染。     

巢式PCR诊断儿科患者鼻病毒感染的探讨

目的了解儿科急性呼吸道感染的病毒病原,建立快速、敏感、特异的检测鼻病毒（HRV）的方法.方法根据已发表的HRV的核苷酸序列设计巢式PCR引物,并用多种呼吸道病毒的标准毒株确定方法的特异性.收集2002年11月至2003年10月的急性呼吸道感染患儿标本771例,应用巢式PCR方法检测标本中有无HRV基因片段.结果特异性检测结果显示仅HRV cDNA有预期大小的片段扩增.771例标本中HRV总检出例数为148例（148/771）,占19.2%;HRV阳性检出率在咽炎患儿中达到53.3%（8/15）,喉炎患儿43.8%（7/16）,支气管炎患儿为28.7%（29/101）,其他如急性扁桃体炎、急性肺炎等患儿也有较高的HRV阳性检出率.在2002年11月以及2003年8-10月HRV检测阳性率较高（21.6%～32.6%）,尤其在2003年9月份HRV检测阳性率最高,达到32.6%;2003年3-7月HRV阳性标本所占百分率较平稳,在16.0%～19.1%之间.结论建立的巢式RT-PCR可以检测到儿科呼吸道感染患儿标本中的鼻病毒基因片段;HRV是北京婴幼儿急性呼吸道感染的重要病毒病原之一.     

北京市儿童手足口病与肠道病毒71型和柯萨奇病毒A组16型感染有关

目的了解2007年5-6月北京市儿童中流行的手足口病的病原。方法于2007年5、6月间采集来首都儿科研究所附属儿童医院门诊就诊的手足口病患儿咽拭子标本6份和1份病情危重的手足口病并发神经系统症状而急诊收住院患儿（编号F4243，年龄9岁8个月，女性）的经气管插管呼吸道抽吸液、脑脊液及血清标本。将咽拭子和气管插管抽吸液标本接种Hep-2、MDCK和Vero细胞进行病毒分离。同时设计位于肠道病毒5^＋非编码区（UTR）的通用引物2对（巢式PCR）、肠道病毒71型（EV71）VPl基因不同位置的特异性引物2对半（PCR和半巢式PCR）和柯萨奇病毒A组16型（CAl6）的特异性引物1对检测标本中的病毒核酸。首先用随机引物将标本中的RNA逆转录成cDNA，然后分别用上述引物进行PCR扩增肠道病毒5^＋UTR和EV71／CAl6的VPl基因片段；对EV71阳性的标本还扩增了VPl全基因，扩增产物直接进行序列测定和分析。结果6例门诊就诊的普通手足口病患儿和F4243的呼吸道标本中均扩增到肠道病毒5^＋UTR基因片段，有2例门诊患儿和F4243的标本中还扩增到EV71的VPl基因片段，提示该组手足口病患儿均为肠道病毒感染，其中3例为EV71感染。序列测定和分析表明有1例普通手足口病患儿（F4211）和F4243标本确定为EV71。所有标本接种Hep-2和MDCK细胞均未出现病变，说明常见的呼吸道病毒为阴性。除1份咽拭子标本（F4283）外，其余6份接种Vero细胞的标本均出现细胞病变。用肠道病毒通用引物和EV71特异性引物对分离到的病毒株核酸的扩增结果显示这6株病毒均为肠道病毒，其中F4211和F4243为EV71，与直接从呼吸道标本中扩增的结果相符；其余4株为CAl6。结论北京市儿童中流行的手足口病与肠道病毒EV71和CAl6感染有关；EV71可以在5岁以上儿童中引起严重的神经系统并发症，应引起注意。     

北京地区婴幼儿人类杯状病毒感染状况及型别分析

目的 研究人类杯状病毒与北京地区婴幼儿急性腹泻的病原关系。方法 用RT－PCR检测了婴幼儿非细菌性腹泻患儿粪便标本中的杯状病毒核酸，并用地高辛标记的不同型人类杯状病毒的cDNA(NLV基因型Ⅱ型探针CR840和SLV探针A141）作为探针，用斑点杂交对阳性标本进行分型。结果 从233份标本中检测出阳性标本58份（阳性率24.9%）：6个月以下的幼儿阳性19份，占阳性标本总数的32.8%，7－12个月的婴儿阳性15份，占总阳性标本总数的25.9%,1-2岁的幼儿阳性9份，占总阳性标本总数的15.5%，2－3岁的阳性5份，占总阳性标本总数的8.6%,3－4岁的阳性4份，占总阳性标本总数的6.9%，5岁以上的儿童的阳性6份，占总阳性标本总数的10.2%，杂交阳性标本共29份，占50.0%：A141探针杂交阳性的标本14份，占24.1%，CR840探针杂交阳性的标本8份，占13.8%，A141和CR840探针杂交均为阳性的标本7份，占12.1%。结论 我国婴幼儿腹泻与人类杯状病毒感染有关，北京地区儿童中存在多种型别杯状病毒的感染，同时显示不同基因型的杯状病毒基因序列之间的差异可以用杂交分型的方法加以区别。     

北京地区人群中人偏肺病毒血清抗体水平的初步调查

目的通过对人类偏肺病毒（hMPV）特异性IgG抗体检测,初步了解北京地区人群中该病毒感染的状况。方法以大肠杆菌表达的hMPV核蛋白（N蛋白）为抗原,用Western-blot检测随机选取的116例血清标本中hMPVN蛋白特异性IgG抗体,以确定表达的hMPVN蛋白的抗原特异性。随后对1996年4月至1997年3月自首都儿科研究所附属儿童医院和北京宣武医院采集的门诊非呼吸道感染患者及正常儿童的体检血清710例进行hMPVN蛋白特异性IgG抗体检测。结果hMPVN蛋白的抗原特异性试验证明表达的hMPV的N蛋白特异性好。本组710份血清中,抗hMPVN蛋白IgG抗体总阳性率为17．2％（122／710）。其中〈1个月的婴儿抗体阳性率为13．2％,1个月～的婴儿中抗体阳性率下降至6．1％,2个月～的婴儿中抗体阳性率降至最低（3．1％）,6个月～的婴儿中抗体阳性率上升至13．9％,在随后的几个年龄段内抗体阳性率维持在13．0％左右,30岁以后的人群中抗体阳性率有所升高,30岁～人群中达28．1％,40岁～人群中达32．3％,≥50岁的人群中达38．5％。结论研究中所应用的hMPVN蛋白的抗原特异性好;抗体的检测结果提示在北京地区的人群中hMPV的感染并不少见,血清抗体阳性率低的年龄组与文献报道感染发生率高的年龄组相符。     

应用套式PCR早期快速诊断麻疹的研究

目的 建立从临床标本中快速检测麻疹病毒(MV)基因片段的方法,以便早期快速地对临床症状不典型的麻疹作出诊断。方法 收集116例疑似麻疹患儿的咽拭子标本,74例尿液标本及110例血清标本,其中73名疑似麻疹患儿同时收集了咽拭子标本与尿液标本,104名疑似麻疹患儿同时收集了咽拭子标本与血清标本。采用套式PCR扩增咽拭子和尿液标本中的MVN基因相关片段,用MV标准株进行空斑形成试验测定其敏感性,通过与常见呼吸道病毒PCR交叉扩增试验测定方法的特异性。用ELISA检测患儿血清中的MV特异性IgM抗体。结果 套式PCR可检测到0.53空斑形成单位(pfu)的病毒。所设计的引物与其他病毒株均无交叉反应。临床疑似麻疹患儿咽拭子和尿液标本中MV检测阳性率分别为60.3％(70/116)和64.9％(48/74);在同时采集到咽拭子和尿液标本的73例患儿中,检测结果一致的有71例(97.3％)。用2种ELISA试剂盒测定麻疹特异性IgM阳性率分别为59.1％(65/110)和55.5％(61/110),检测结果一致的106例(96.4％)。在同时采集到咽拭子和血液标本的104例患儿中麻疹基因检测与抗体检测结果一致的84例(80.8％)。结论 本研究建立的套式PCR检测MVN基因的方法有较好的敏感性和特异性,与血清中MV特异性IgM检测方法相比,基因检测可在临床症状出现后就检测到,并可以单份标本就进行检测,更适合作麻疹早期诊断的实验室检查依据。     

北京地区2007-2008年G9型A组人轮状病毒VP7和VP4基因分析

目的 了解北京地区2007-2008年检测到的G9型A组人轮状病毒外壳蛋白VP7和VP4的基因特征.方法 选取经过轮状病毒核酸杂交方法检测为G9型轮状病毒的12份儿童腹泻患儿的粪便标本,应用针对VP7全长基因的特异引物对进行RT-PCR扩增,对所获得的VP7全长基因进行克隆和测序,将所获得的序列与GenBank中的G9型原型病毒株和近期流行株的VP7基因进行序列和种系进化分析;经巢式PCR对G9型的VP4进行P基因分型.结果 12株G9型轮状病毒经VP7基因的序列比较分析得到确认.P基因分型结果显示北京地区近年来存在G9P[8]和G9P[6]型两种组合的轮状病毒感染.序列和种系进化分析发现北京G9型株VP7基因与世界范围内近期流行的G9型株一样都属于进化分支Ⅲ,彼此间的核苷酸和氨基酸同源性较高,而与国内最早报道的G9型T203进化关系较远,且北京G9P[8]和G9P[6]型株分别与国内近期报道的新疆G9P[8]和G9P[6]型株及相应的武汉G9型株VP7基因,在氨基酸位点上存在一些共同的氨基酸残基取代.结论 北京地区近年存在G9P[8]和G9P[6]两种不同基因组合的G9型轮状病毒感染,需要进一步加强对G9型轮状病毒的分子流行病学监测.     

The 2015–2016 influenza epidemic in Beijing,China: Unlike elsewhere,circulation of influenza A(H3N2) with moderate vaccine effectiveness

BackgroundWhile the 2015–2016 influenza season in the northern hemisphere was dominated by A(H1N1)pdm09 and B/Victoria viruses, in Beijing, China, there was also significant circulation of influenza A(H3N2) virus. In this report we estimate vaccine effectiveness (VE) against influenza A(H3N2) and other circulating viruses, and describe further characteristics of the 2015–2016 influenza season in Beijing.MethodsWe estimated VE of the 2015–2016 trivalent inactivated vaccine (TIV) against laboratory-confirmed influenza virus infection using the test-negative study design. The effect of prior vaccination on current VE was also examined.ResultsOf 11,000 eligible patients included in the study, 2969 (27.0%) were influenza positive. Vaccination coverage was 4.2% in both cases and controls. Adjusted VE against all influenza was 8% (95% CI: −16% to 27%): 18% (95% CI: −38% to 52%) for influenza A(H1N1)pdm09, 54% (95% CI: 16% to 74%) for influenza A(H3N2), and −8% (95% CI: −40% to 18%) for influenza B/Victoria. The overall VE for receipt of 2015–2016 vaccination only, 2014–2015 vaccination only, and vaccinations in both seasons was −15% (95% CI: −63% to 19%), −25% (95% CI: −78% to 13%), and 18% (95% CI: −11% to 40%), respectively.ConclusionsOverall the 2015–2016 TIV was protective against influenza infection in Beijing, with higher VE against the A(H3N2) viruses compared to A(H1N1)pdm09 and B viruses.     

北京地区新近报道的人Boca病毒VP1、VP2蛋白编码区基因序列分析

目的了解北京地区新近报道的人Boca病毒（human bocavirus，HBoV）主要结构蛋白编码区基因的特征。方法选择已经过初步研究证明为HBoV NP1基因检测为阳性的2份临床标本BJ3064、BJ3722。应用针对HBoV VP1蛋白编码区基因的PCR引物进行扩增，对所获得的PCR扩增产物直接进行核苷酸序列测定。将所测到的序列与GenBank中的基因序列进行比较分析和种系进化分析。结果从标本BJ3064及BJ3722中扩增得到HBoV VP1蛋白编码区全基因的PCR扩增产物为2016bp，编码671个氨基酸。VP2蛋白是在不改变开放性读码框架（ORF）的情况下，由VP1蛋白编码区内起始合成，并与VP1终止于同一终止密码子，长度为1629bp，编码542个氨基酸。与HBoV原型株ST1、ST2株相比较，BJ3064、BJ3722的VP1及VP2蛋白无论是核苷酸水平还是氨基酸水平的同源性均超过98％，但与同属细小病毒的BPV及MVC相应位置的序列相比较，同源性较低，其中核苷酸序列同源性低于60％，而氨基酸序列同源性低于50％。VP1及VP2蛋白的编码区基因进化分析显示。BJ3064、BJ3722与ST2之间进化关系较ST1更密切。在BJ3064、BJ3722的VP1蛋白中，也存在类似于MVC的保守性磷酸酯酶A2特异性位点的活性基序（HDXXY）及Ca^2＋结合位点。结论已得到HBoV的结构蛋白VP1和VP2的全基因，将为儿科急性呼吸道感染中该病毒的病原作用、地位及其在各年龄组人群中的血清学特征的深入研究打下坚实的基础。